Hola Cristopher.
Adicional de este campo en el dato maestro del artículo (Sujeto a impuesto), verifica que comportamiento tiene ese mismo campo pero a nivel detalle de la factura justo en el momento en que especificas los artículos con la problemática.
A mi me suena como si tuvieras una búsqueda formateada en este campo que no está contemplando esta familia de artículos. Igual verifica esto último.
Suerte.